Add body fat analysis graph for page 1
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bolade
+302
-2
@@ -2,12 +2,312 @@
|
||||
"cells": [
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 2,
|
||||
"execution_count": 1,
|
||||
"id": "6eee3ddd",
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"import pandas as pd"
|
||||
"import pandas as pd\n",
|
||||
"import fitz"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 2,
|
||||
"id": "7b50e3ea",
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"file = fitz.open(\"data/~Moran~K~19910201~Spirometry Exam~20250729~20250729032843.pdf\")"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 4,
|
||||
"id": "b7e1c3ee",
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [
|
||||
{
|
||||
"name": "stdout",
|
||||
"output_type": "stream",
|
||||
"text": [
|
||||
"Found 3 image(s) on page 1\n",
|
||||
"Saved: page_1_image_1.png\n",
|
||||
"Saved: page_1_image_2.png\n",
|
||||
"Saved: page_1_image_3.png\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"Total images extracted: 3\n",
|
||||
"Images saved in: extracted_images/\n"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"source": [
|
||||
"import os\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Create directory to save images if it doesn't exist\n",
|
||||
"output_dir = \"extracted_images\"\n",
|
||||
"os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Extract all images from the PDF\n",
|
||||
"image_count = 0\n",
|
||||
"for page_num in range(len(file)):\n",
|
||||
" page = file[page_num]\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" # Get list of images on this page\n",
|
||||
" image_list = page.get_images()\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" if image_list:\n",
|
||||
" print(f\"Found {len(image_list)} image(s) on page {page_num + 1}\")\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" for img_index, img in enumerate(image_list):\n",
|
||||
" # Get image reference number\n",
|
||||
" xref = img[0]\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" # Extract image data\n",
|
||||
" base_image = file.extract_image(xref)\n",
|
||||
" image_bytes = base_image[\"image\"]\n",
|
||||
" image_ext = base_image[\"ext\"]\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" # Create filename\n",
|
||||
" image_filename = f\"page_{page_num + 1}_image_{img_index + 1}.{image_ext}\"\n",
|
||||
" image_path = os.path.join(output_dir, image_filename)\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" # Save image\n",
|
||||
" with open(image_path, \"wb\") as image_file:\n",
|
||||
" image_file.write(image_bytes)\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" print(f\"Saved: {image_filename}\")\n",
|
||||
" image_count += 1\n",
|
||||
" else:\n",
|
||||
" print(f\"No images found on page {page_num + 1}\")\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"print(f\"\\nTotal images extracted: {image_count}\")\n",
|
||||
"print(f\"Images saved in: {output_dir}/\")"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 3,
|
||||
"id": "e2af9631",
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [
|
||||
{
|
||||
"name": "stdout",
|
||||
"output_type": "stream",
|
||||
"text": [
|
||||
"Error extracting tables from page 1: object of type 'TableFinder' has no len()\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"Extracted text from 1 pages\n",
|
||||
"Found 0 tables total\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"First 1000 characters of extracted text:\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"--- Page 1 ---\n",
|
||||
"PRE#1\n",
|
||||
"PRE#2\n",
|
||||
"PRE#3\n",
|
||||
"Spirometry Results\n",
|
||||
"VISIT DATE 2025-07-29\n",
|
||||
"ID\n",
|
||||
"Last Name\n",
|
||||
"Moran\n",
|
||||
"First Name\n",
|
||||
"K\n",
|
||||
"Date of birth\n",
|
||||
"1991-02-01\n",
|
||||
"Origin\n",
|
||||
"Caucasian\n",
|
||||
"Age\n",
|
||||
"34\n",
|
||||
"Gender\n",
|
||||
"F\n",
|
||||
"Height\n",
|
||||
"163 cm\n",
|
||||
"Weight\n",
|
||||
"54 kg\n",
|
||||
"BMI\n",
|
||||
"20.3\n",
|
||||
"ACCEPTABILITY CRITERIA\n",
|
||||
"Quality Grade PRE F Variability FEV1=0.05(1.56%), FVC=0.07(1.68%)\n",
|
||||
"Acceptable trials 0\n",
|
||||
"LLN\n",
|
||||
"Predicted\n",
|
||||
"FVC\n",
|
||||
"FEV1\n",
|
||||
"FEV1/FVC\n",
|
||||
"-5\n",
|
||||
"-4\n",
|
||||
"-3\n",
|
||||
"-2\n",
|
||||
"-1\n",
|
||||
"0\n",
|
||||
"1\n",
|
||||
"2\n",
|
||||
"3\n",
|
||||
"Spirometry\n",
|
||||
"Parameters\n",
|
||||
"FVC\n",
|
||||
"FEV1\n",
|
||||
"FEV1/FVC\n",
|
||||
"PEF\n",
|
||||
"FEF2575\n",
|
||||
"FEF25\n",
|
||||
"FEF50\n",
|
||||
"FEF75\n",
|
||||
"PEFTime\n",
|
||||
"EVol\n",
|
||||
"FEV6\n",
|
||||
"L\n",
|
||||
"L\n",
|
||||
"%\n",
|
||||
"L/m\n",
|
||||
"L/s\n",
|
||||
"L/s\n",
|
||||
"L/s\n",
|
||||
"ms\n",
|
||||
"mL\n",
|
||||
"L\n",
|
||||
"L/s\n",
|
||||
"Best\n",
|
||||
"3.26\n",
|
||||
"76.89\n",
|
||||
"684\n",
|
||||
"2.74\n",
|
||||
"6.08\n",
|
||||
"3.06\n",
|
||||
"1.06\n",
|
||||
"79\n",
|
||||
"78.0\n",
|
||||
"4.24\n",
|
||||
"4.22\n",
|
||||
"LLN\n",
|
||||
"3.03\n",
|
||||
"2.53\n",
|
||||
"72.47\n",
|
||||
"222\n",
|
||||
"2.15\n",
|
||||
"0.0\n",
|
||||
"0.0\n",
|
||||
"0.71\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"3.03\n",
|
||||
"Pred.\n",
|
||||
"3.79\n",
|
||||
"3.16\n",
|
||||
"384\n",
|
||||
"3.42\n",
|
||||
"0.0\n",
|
||||
"0.0\n",
|
||||
"1.41\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"3.79\n",
|
||||
"83.78\n",
|
||||
"%Pred.\n",
|
||||
"112.0\n",
|
||||
"103.3\n",
|
||||
"91.8\n",
|
||||
"178.7\n",
|
||||
"80.2\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"75.1\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"111.4\n",
|
||||
"ZScore\n",
|
||||
"0.95\n",
|
||||
"0.28\n",
|
||||
"-1.05\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"-0.84\n",
|
||||
"0.0\n",
|
||||
"0.0\n",
|
||||
"-0.72\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"-\n",
|
||||
"PRE#1\n",
|
||||
"4.24\n",
|
||||
"3.26\n",
|
||||
"76.9\n",
|
||||
"444\n",
|
||||
"2.74\n",
|
||||
"6.08\n",
|
||||
"3.06\n",
|
||||
"1.06\n",
|
||||
"79\n",
|
||||
"78.0\n",
|
||||
"4.22\n",
|
||||
"PRE#2\n",
|
||||
"4.17\n",
|
||||
"3.21\n",
|
||||
"77.0\n",
|
||||
"438\n",
|
||||
"2.68\n",
|
||||
"6.0\n",
|
||||
"1.12\n",
|
||||
"49\n",
|
||||
"77.0\n",
|
||||
"4.17\n",
|
||||
"3.1\n",
|
||||
"PRE#3\n",
|
||||
"0.94\n",
|
||||
"684\n",
|
||||
"4.15\n",
|
||||
"2.77\n",
|
||||
"197.0\n",
|
||||
"4.13\n",
|
||||
"75.7\n",
|
||||
"39\n",
|
||||
"2.48\n",
|
||||
"3.14\n",
|
||||
"5.53\n",
|
||||
"NOTE\n",
|
||||
"Spirobank Smart Z114689 Sent on 2025-07-29 15:28\n",
|
||||
"BTPS 1.111 21.0 °C \n"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"source": [
|
||||
"# Extract text and tables from the PDF\n",
|
||||
"text_content = \"\"\n",
|
||||
"tables_data = []\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"for page_num in range(len(file)):\n",
|
||||
" page = file[page_num]\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" # Extract text from the page\n",
|
||||
" page_text = page.get_text()\n",
|
||||
" text_content += f\"\\n--- Page {page_num + 1} ---\\n\"\n",
|
||||
" text_content += page_text\n",
|
||||
" \n",
|
||||
" # Try to find tables using PyMuPDF's table detection\n",
|
||||
" try:\n",
|
||||
" tables = page.find_tables()\n",
|
||||
" if tables:\n",
|
||||
" print(f\"Found {len(tables)} table(s) on page {page_num + 1}\")\n",
|
||||
" for i, table in enumerate(tables):\n",
|
||||
" table_data = table.extract()\n",
|
||||
" tables_data.append({\n",
|
||||
" 'page': page_num + 1,\n",
|
||||
" 'table_index': i,\n",
|
||||
" 'data': table_data\n",
|
||||
" })\n",
|
||||
" print(f\"Table {i+1} on page {page_num + 1}:\")\n",
|
||||
" for row in table_data:\n",
|
||||
" print(row)\n",
|
||||
" print(\"-\" * 50)\n",
|
||||
" except Exception as e:\n",
|
||||
" print(f\"Error extracting tables from page {page_num + 1}: {e}\")\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"print(f\"\\nExtracted text from {len(file)} pages\")\n",
|
||||
"print(f\"Found {len(tables_data)} tables total\")\n",
|
||||
"\n",
|
||||
"# Display first 1000 characters of text content to see what we have\n",
|
||||
"print(\"\\nFirst 1000 characters of extracted text:\")\n",
|
||||
"print(text_content[:1000])"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
|
||||
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